ต้นคริสต์ทศวรรษ 2000 วารสารเกี่ยวข้องกับข้อโต้เถียงเรื่องปัญหางานวิจัยของยา Vioxx (ชื่อสามัญ Rofecoxib)คือ มีงานศึกษาที่พิมพ์ในวารสารในเดือนพฤศจิกายน 2543 โดยรับการสนับสนุนจากบริษัทที่ผลิตยาเมอร์ค ที่แสดงว่ามีกรณีกล้ามเนื้อหัวใจตายเหตุขาดเลือดสูงขึ้นในคนไข้ที่ใช้ยา แต่นักวิจัยตีความว่า เป็นผลการป้องกันโรคหัวใจของยาที่ใช้ในกลุ่มควบคุม ไม่ใช่ผลที่เกิดจากยา Vioxx[26]

ตามอดีตบรรณาธิการของวารสารการแพทย์ BMJ มีการบอกความสงสัยเรื่องความถูกต้องของงานศึกษากับบรรณาธิการของ NEJM ไม่เกินเดือนสิงหาคม 2544และในปีนั้น ทั้งองค์การอาหารและยาสหรัฐและวารสาร JAMA ต่างก็ตั้งข้อสงสัยถึงความสมเหตุสมผลของการตีความข้อมูลที่พิมพ์ใน NEJM[27]ต่อมาในเดือนกันยายน 2547 บ.เมอร์ค จึงได้ถอนยาออกจากตลาดแล้วในเดือนธันวาคม 2548 วารสารจึงได้พิมพ์นิพจน์แสดงความเป็นห่วงเกี่ยวกับงานศึกษาดั้งเดิม หลังจากที่พบว่า ผู้เขียนรู้ถึงอาการไม่พึงประสงค์ (adverse event) มากกว่าที่เปิดเผยเมื่อตีพิมพ์งานศึกษาโดยนิพจน์แสดงว่า "จนกระทั่งปลายเดือนพฤศจิกายน 2548 เราเชื่อว่าอาการเหล่านี้เกิดขึ้นในช่วงหลัง ๆ ที่ผู้เขียนไม่รู้ท่วงทันพอที่จะรวมเข้าในบทความที่พิมพ์ในวารสารวันที่ 23 พฤศจิกายน 2543 แต่ตอนนี้ดูเหมือนว่า จากหนังสือบันทึกช่วยจำวันที่ 5 กรกฎาคม 2543 ที่ได้โดยหมายศาลในคดี Vioxx และเปิดเผยให้แก่วารสาร ผู้เขียนอย่างน้อยสองท่านรู้ถึงเหตุการณ์กล้ามเนื้อหัวใจตายเหตุขาดเลือดอีก 3 กรณีอย่างน้อย 2 อาทิตย์ก่อนที่ผู้เขียนจะส่งบทความแก้ไข 2 รุ่นแรก และสี่เดือนครึ่งก่อนที่บทความจะตีพิมพ์"[28]

ในช่วงเวลา 5 ปีระหว่างการตีพิมพ์บทความดั้งเดิมกับการตีพิมพ์นิพจน์แสดงความเป็นห่วง มีการประเมินว่า บ.เมอร์คจ่าย NEJM มากถึง 836,000 ดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 36 ล้านบาท) เพื่อพิมพ์เพิ่มบทความดั้งเดิมเพื่อใช้โปรโหมตยา[29]และต่อมาวารสารก็ถูกตำหนิอย่างเป็นสาธารณะเรื่องการตอบสนองต่อปัญหางานวิจัย ในบทความบรรณาธิการต่าง ๆ รวมทั้งในวารสารการแพทย์ BMJ[27]และ Journal of the Royal Society of Medicine[30]

โดยปี 2550 บ.เมอร์คได้ตั้งงบประมาณค่าใช้จ่ายเกี่ยวกับการฟ้องร้องในศาลเรื่องยา Vioxx เป็นมูลค่า 970 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 29,429 ล้านบาท) และได้ตั้งกองทุนมีมูลค่า 4,850 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 147,149 ล้านบาท) เพื่อสะสางคดีข้อเรียกร้องเอาทรัพย์โดยคนอเมริกัน